Κλήθηκε για πρώτη φορά στην εθνική ομάδα της Γερμανίας το 2009 και πλέον είναι και ο αρχηγός της. Ο λόγος για το Γερμανό γκολκίπερ, Μανουέλ Νόιερ, που σύμφωνα με την SportBild σκέφτεται να αποσυρθεί από τη «Nationalmannschaft» μετά το Euro 2020.
Ο Νόιερ έχει 90 συμμετοχές με την εθνική ομάδα της Γερμανίας, ενώ έχει αγωνιστεί σε τρία Παγκόσμια Κύπελλα και δύο ευρωπαϊκά πρωταθλήματα, ενώ το 2014 στέφθηκε παγκόσμιος πρωταθλητής και είχε επιλεγεί ως ο καλύτερος τερματοφύλακας.