Στις 6 Οκτωβρίου 1993 ο Μάικλ Τζόρνταν είπε «αντίο» στα παρκέ του μπάσκετ με τη φράση «Η επιθυμία να παίζω δεν βρίσκεται πια μέσα μου». Μόλις λίγους μήνες νωρίτερα, ο αγαπημένος του πατέρας είχε δολοφονηθεί από δύο εφήβους σε ληστεία βυθίζοντάς τον στη θλίψη. Παράλληλα, ο εθισμός του στον τζόγο είχε πάρει επικίνδυνες διαστάσεις, σύμφωνα με όσα και ο ίδιος αργότερα παραδέχθηκε.
Όπως ο αδικοχαμένος Τζέιμς ονειρευόταν, ο Μάικλ αποφάσισε μετά τον αποχωρισμό της πορτοκαλί μπάλας να ασχοληθεί επαγγελματικά με το μπέιζμπολ, αγωνιζόμενος με τους Μπέρμιγχαμ Μπάρονς, ομάδα του ιδιοκτήτη των Σικάγο Μπουλς, Τζέρι Ρέινσντορφ.
Ευτυχώς για όλους, ο «Air» έμελλε να μην μείνει οριστικά εκτός του αθλήματος μετά το πρώτο εκείνο «αντίο». Δεκαεπτά μήνες αργότερα, στις 18 Μαρτίου 1995, η είδηση έσκασε σαν «βόμβα» χαράς μέσω ενός φαξ του ατζέντη του, Ντέιβιντ Φολκ, στο οποίο υπήρχε η λακωνική δήλωση του Τζόρνταν: «I' m back».
Μία ημέρα αργότερα, στις 19 Μαρτίου 1995, ο ήδη τρις πρωταθλητής ΝΒΑ με τους Μπουλς αγωνίστηκε ξανά με τη φανέλα τους, σε ηλικία 32 ετών και με μόλις τρεις προπονήσεις «στα πόδια» του. Φορώντας το νούμερο «45», αφού οι «ταύροι» είχαν αποσύρει προς τιμήν του το «23», έπαιξε στον αγώνα κόντρα στους Ιντιάνα Πέισερς. Έχασε τα πρώτα έξι σουτ που επιχείρησε και εντέλει ολοκλήρωσε το ματς με 19 πόντους (με 7/28 σουτ), 6 ριμπάουντ, 6 ασίστ, 3 κλεψίματα και 3 λάθη σε 43 λεπτά συμμετοχής. Οι Μπουλς ηττήθηκαν 103-96.
Ο «Αir» μπορεί να μην βρισκόταν, όπως ήταν απόλυτα φυσιολογικό, στα γνωστά του στάνταρ, όμως την επιστροφή του στα παρκέ δεν ήθελε κανείς να την χάσει: το παιχνίδι εκείνο σημείωσε την μεγαλύτερη τηλεθέαση που έχει σημειωθεί μέχρι σήμερα σε ματς ΝΒΑ, αφού 35 εκατομμύρια άνθρωποι καθηλώθηκαν στις τηλεοράσεις τους για να τον δουν να «χαϊδεύει» και πάλι την μπάλα του μπάσκετ.
Στα ματς που απέμεναν στην regural season οι Μπουλς από το 34-31 που είχαν χωρίς τον Τζόρνταν, έφτασαν στο 47-35 με ένα επιμέρους 13-4. Σε αυτά τα παιχνίδια ο «Αir» είχε 26.9 πόντους κατά μέσο όρο. Οι «ταύροι» έφτασαν στη συνέχεια μέχρι τα ημιτελικά της Ανατολής, όπου αποκλείστηκαν από τους Μάτζικ του Σακίλ Ο’ Νιλ. O προπονητής τους, Ντικ Άντερσον, δήλωσε ότι «αυτός δεν είναι σαν τον παλιό Τζόρνταν».
Ως απάντηση, το ολοκληρωτικό comeback του «Αir» έμελλε να έρθει από την επόμενη σεζόν. Ο Τζόρνταν ξαναφόρεσε το αγαπημένο του «23» και οι Μπουλς πήραν τρία συνεχόμενα πρωταθλήματα (1997, 1998, 1999), φτάνοντας για δεύτερη φορά σε three peat (μετά την τριετία 1991-1993). Σε αυτή την τριετία ο Μάικλ πήρε 2 βραβεία MVP κανονικής διάρκειας (1996, 1998) και 3 MVP των τελικών.
Στις 13 Ιανουαρίου 1999 ανακοίνωσε για δεύτερη φορά ότι αποσύρεται. Βέβαια, θα επέστρεφε το 2001 για να κλείσει οριστικά την καριέρα του το 2003 σε ηλικία 40 ετών, ως παίκτης των Ουάσινγκτον Ουίζαρντς, με απόδοση πλεόν «γήινου», αλλά με τον τίτλο του κορυφαίου μπασκετμπολίστα όλων των εποχών.