Ο Μπόντο Ίλγκνερ κέρδισε σε ηλικία μόλις 20 ετών την πρώτη του κλήση στην Εθνικής της Δυτικής Γερμανίας και τρία χρόνια αργότερα διηύθυνε μερικά από τα ιερά τέρατα του ποδοσφαίρου της χώρας όπως οι Αουγκεντάλερ, Μπρέμε, Μπέρτολντ, Μπούχβαλντ και Κόλερ που αποτελούσαν την αμυντική γραμμή της ομάδας που κατέκτησε το Μουντιάλ στα γήπεδα της Ιταλίας.
Από τους πρωταγωνιστές των θριαμβευτών, ο Ίλγκνερ έπαιξε καταλυτικό ρόλο στην πρόκριση εις βάρος της Αγγλίας στον ημιτελικό αποκρούοντας το πέναλτι του Στιούαρτ Πιρς ενώ κόντρα στην Αργεντινή κατάφερε να γίνει ο πρώτος τερματοφύλακας της ιστορίας των Παγκοσμίων Κυπέλλων που κράτησε ανέπαφη την εστία του σε τελικό!
Ξεχώριζε χάρις στο επιβλητικό παρουσιαστικό του, ενώ διακρινόταν για τις εξαιρετικές τοποθετήσεις του αλλά και την έφεσή του στις φάσεις τετ α τετ.
Η καριέρα του στην Εθνική έκλεισε ξαφνικά και πρόωρα, καθώς ανακοίνωσε την απόσυρσή του μετά τον χαμένο προημιτελικό από τη Βουλγαρία στο Μουντιάλ του 1994 σε ηλικία μόλις 27 ετών.