Στη διαδικασία των πέναλτι (8-7) πήρε την πρόκριση για την επόμενη φάση του Κυπέλλου Hellas online ο Πανιώνιος κόντρα στον Παναιτωλικό στο Αγρίνιο. Εκτός συνέχειας ο Ολυμπιακός που έχασε 3-1 απο τον Πανσερραϊκό. Το εισιτήριο πήρε ο ΠΑΣ Γιάννινα που επικράτησε 3-0 εκτός έδρας της Καλαμάτας αλλά και ο Αστέρας Τρίπολης που επιβλήθηκε με το ίδιο σκορ (3-0) του Αιγάλεω στο «Σταύρος Μαυροθαλασσίτης».
Τα αποτελέσματα
Τρίτη 27/10/09
Καλαμάτα-ΠΑΣ Γιάννινα 0-3
Παναιτωλικός-Πανιώνιος 7-8 στα πέναλτι (0-0 η κανονική διάρκεια και η παράταση)
Πανσερραϊκός-Ολυμπιακός 3-1
Αιγάλεω-Αστέρας Τρίπολης 0-3
Τετάρτη 28/10/09
ΟΦΗ - ΠΑΟΚ (14:15 - «Θ. Βαρδινογιάννης» / Alpha)
Αγρ. Αστέρας - Καβάλα (14:15 - Γήπ. Αγρ. Αστέρα)
Πιερικός - Εργοτέλης (14:15 - Δημ. Κατερίνης)
Ιωνικός - Λεβαδειακός (14:15 - Δημ. Νεάπολης)
Εθνικός - Ξάνθη (14:15 - Γήπ. Ελληνικού)
Καλλιθέα - Πανθρακικός (14:15 - Δημ. Στ. Καλλιθέας)
Βισαλτιακός - Ατρόμητος (14:15 - ΔΑΚ Νιγρίτας)
Ολυμπιακός Β. - Λάρισα (17:00 - Εθνικό Βόλου)
Εορδαϊκός - Παναθηναϊκός (17:00 - Δημ. Κοζάνης / Alpha)
Ασπρόπυργος - Αρης (19:00 - Δημ. Ανω Λιοσίων)
Πέμπτη 29/10/09
Τρίκαλα - Ηρακλής (17:00 - Δημ. Τρικάλων)
Θρασύβουλος - ΑΕΚ (17:00 - Δημ. Φυλής / Alpha)
*Οι αγώνες είναι νοκ άουτ. Σε περίπτωση ισοπαλίας ακολουθεί ημίωρη παράταση και αν δεν προκύψει ούτε τότε ο νικητής, θα ακολουθήσει η διαδικασία των πέναλτι.